Ученый секретарь Российского общества онкоурологов, член Европейской ассоциации урологов (EAU) и Международного общества урологов (SIU).

Член научного совета Международного Агентства по Изучению Рака (МАИР).

Член диссертационного совета при ФГБУ «НМИРЦ» Минздрава России.

Заведующий кафедрой онкологии Института медико-социальных технологий.

Заместитель главного редактора журнала "Онкология. Журнал им. П. А. Герцена".

Ответственный секретарь журнала "Онкоурология".

С 2009 г. заведующий курсом онкоурологии кафедры урологии ФПК МР РУДН.

С 2013 г. член экспертного совета ВАК при Министерстве образования и науки Российской Федерации по хирургическим наукам.

Алексеев Борис Яковлевич в 1992 г. закончил дневное отделение лечебного факультета РГМУ. В 1992-1994 гг. обучался в клинической ординатуре РГМУ по онкологии на базе МНИОИ им. П. А. Герцена. С 1994 по 2013 гг. работал в отделении онкоурологии МНИОИ им. П. А. Герцена в должностях младшего научного сотрудника, старшего научного сотрудника, ведущего научного сотрудника, руководителя отделения. В настоящее время работает заместителем генерального директора по научной работе ФГБУ «НМИРЦ» Минздрава России и заместителем директора НИИ урологии и интервенционной радиологии - филиала ФГБУ «НМИРЦ» Минздрава России.

В 1998 г. им защищена диссертация на соискание ученой степени кандидата медицинских наук на тему «Внутрипузырная иммунотерапия поверхностного рака мочевого пузыря», в 2006 г. – диссертация на соискание ученой степени доктора медицинских наук «Лечение локализованного и местно-распространенного рака предстательной железы». В 2010 г. Б. Я. Алексееву присвоено ученое звание профессора по специальности онкология.

Б. Я. Алексеев является высококвалифицированным специалистом – онкоурологом, выполняет широкий спектр оперативных вмешательств на всех органах мочевыделительной и мужской половой системы, им разработаны и внедрены высокотехнологичные методы хирургического и малоинвазивного лечения онкоурологических больных. Б. Я. Алексеевым предложены новые методики оперативного лечения больных раком предстательной железы, которые защищены патентами РФ, оригинальные способы лапароскопических хирургических вмешательств при опухолях почки, надпочечника, предстательной железы. Под руководством Б. Я. Алексеева проводятся научные исследования по разработке и усовершенствованию методов диагностики и лечения рака предстательной железы, почки, мочевого пузыря, яичка и надпочечников, по изучению молекулярно-генетических маркеров у онкоурологических больных, по внедрению оригинальных лапароскопических и малоинвазивных методов лечения в онкоурологии, комбинированных и реконструктивно-пластических операций при опухолях малого таза.

В качестве главного исследователя Б. Я. Алексеев участвует в проведении более 30 международных научных исследований, регулярно выступает с докладами на конференциях в России и за рубежом.

Б. Я. Алексеевым опубликовано более 400 печатных работ в отечественных и зарубежных изданиях, является автором 9 патентов, им написаны главы в 5 монографиях, под его редакцией изданы монографии «Лапароскопическая хирургия в онкоурологии», «Национальное руководство по онкоурологии».

Под научным руководством Б. Я. Алексеева защищены 13 диссертационных работ на соискание ученой степени кандидата медицинских наук, 1 диссертация на соискание степени доктора медицинских наук.